Το πλαίσιο προστασίας των ασυνόδευτων ανηλίκων στην Ελλάδα έχει γίνει πολύ συχνά αντικείμενο κριτικής τόσο από Οργανώσεις Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων όσο και από Ευρωπαϊκές και διεθνείς Αρχές. Στην διάρκεια των τελευταίων δύο ετών και κατά την εξέλιξη της προσφυγικής κρίσης οι δομές αυξήθηκαν, χωρίς ωστόσο το πλαίσιο προστασίας να προσαρμοστεί στις αυξημένες ανάγκες. Έτσι, οι συνθήκες φιλοξενίας και υποστήριξης παρουσιάζουν σοβαρές διαφοροποιήσεις ανάλογα με τους θεσμούς που υλοποιούν σχετικά προγράμματα χωρίς βεβαίως να έχουν εκλείψει απολύτως ακατάλληλα φαινόμενα διαχείρισης των ασυνόδευτων ανηλίκων, όπως αυτό της «προστατευτικής φύλαξης» τους. Η έλλειψη ενός αποτελεσματικού συστήματος επιτροπείας για τους ασυνόδευτος ανήλικους εξακολουθεί να είναι ένα από τα βασικά προβλήματα.
Η «Υποστήριξη Προσφύγων στο Αιγαίο» παρακολουθεί και αναδεικνύει προς της Αρχές περιπτώσεις που χρήζουν άμεσης αντιμετώπισης και προστασίας αλλά και προσπαθεί να συμβάλλει στην διαμόρφωση και υιοθέτηση ενός σύγχρονου πλαισίου από τις Αρχές για τον εκσυγχρονισμό των πολιτικών προστασίας για τα ασυνόδευτα ανήλικα.